卧式杀菌锅可根据不同产品设计水浴式杀菌、蒸气杀菌、喷淋式杀菌三种方式。温度、压力、杀菌时间可分自动控制和手动控制。
水浴式杀菌：
在热水池内用蒸汽将水温升至沸腾，启动水泵用大口径流量管道把热水抽到锅内进行直接杀菌。在热水达到一定水位时，随即启动热水循环泵，把锅内热水进行循环，采用三点出水八点进水的方式，在循环时，为了确保锅内出水点的均匀，采用了三点串联式.循环水经水汽交换消音器快速升温（用此水汽交换消音器，避免在锅内加温时，蒸汽和货物的直接接触，使部分货物温度偏高），再通过锅内八个进水点（上、下、左、右各两点），使热水直接达到杀菌锅内进行循环.在锅内热水进行循环的同时，蒸汽角座阀自动开启进行锅内升温，在即将达到温度时，通过温度变送器准确的把锅内温度输送到温控仪，控制蒸汽角座阀进行温度调节，此调节阀是根据锅内温度的升降进行逐步调节，以防止锅内到达温度时，温度反冲。在达到设定温度的同时，关闭蒸汽角座阀门，进入产品杀菌阶段（不同产品杀菌时间可调）。在到达杀菌时间后，报警器报警，打开出水阀及水泵，把锅内热水用水泵输送到热水池，下一锅杀菌时循环使用。
产品进入冷却阶段，开启水泵，把凉水输送到锅内，达到设定水位时停止，随即打开循环阀门，把锅内凉水进行循环，使产品温度均匀下降。如工作时间较长，锅内凉水降不下温时，打开溢水阀，把锅内上部热水排出，同时其它凉水进入，以达到降温目的。
锅内压力由压力变送器随着锅内压力的升降，把信号输送到压力控制仪，进行锅内压力自动条整，使锅内压力始终处于在规定的范围内。如超出，可自动停止；如下降，可自动加压保护。使锅内产品处于同等压力下进行杀菌。
在锅内达到工艺设定的冷却温度后，随即把锅内凉水排出，卸掉锅内压力，杀菌完毕，操作工人打开连锁装置，开启锅门取货。
蒸汽式杀菌：
将杀菌锅装上产品后关闭锅门，设定杀菌温度、杀菌时间。打开蒸汽角座阀自动开启进行锅内升温，在即将达到温度时，通过温度变送器准确的把锅内温度输送到温控仪，控制蒸汽角座阀进行温度调节，此调节阀是根据锅内温度的升降进行逐步调节，以防止锅内到达温度时，温度反冲。在达到设定温度的同时，自动关闭蒸汽角座阀门，进入产品杀菌阶段（不同产品杀菌时间可调）。杀菌时锅内低于设定温度，交座阀门自动打开。温度升到设定温度自动关闭，使锅内始终保持设定温度。直到杀菌时间结束，杀菌锅的蒸汽对流设计，使锅内蒸汽循环杀菌，温度均匀杀菌。报警器报警。
产品进入冷却阶段，开启水泵，把凉水输送到锅内，达到设定水位时停止，随即打开循环阀门，把锅内凉水进行循环，使产品温度均匀下降。如工作时间较长，锅内凉水降不下温时，打开溢水阀，把锅内上部热水排出，同时其它凉水进入，以达到降温目的.
锅内压力由压力变送器随着锅内压力的升降，把信号输送到压力控制仪，进行锅内压力自动调整，使锅内压力始终处于在规定的范围内。如超出，可自动停止；如下降，可自动加压保护。使锅内产品处于同等压力下进行杀菌。
在锅内达到工艺设定的冷却温度后，随即把锅内凉水排出，卸掉锅内压力，杀菌完毕，操作工人打开连锁装置，开启锅门取货。
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